Манастирът бил възстановен едва след реформените актове в Ос­манската империя в тридесетте години на XIX век. Монахът Исай, за­селен в руините на средновековния манастир през 1809 г, събрал средства от селяните от околните села и между 12 май и 1 ноември 1836 била израдена манастирската църква. Строителят й бил прочу­тият майстор Константин от Пещера. Две години по-късно тревненс­ки майстори построили откритата нартика от западната стена и бал-дахинов портик над северния вход. Манастирската църква е триконхален храм от т. нар. атонски тип. Зидарията е от масивни квадри, изравнявани с тухлени редове, фаса­дата е разчупена с плитки аркирани ниши, каменни изображения на архангели, птици, риби и хора. Едновременно с църквата били изгра­дени от изток, север и запад жилищни сгради. Те са на два етажа с чардаци и кьошкове. Поради липса на средства със стенописи, и то едва в 1869 г., били изписани само откритият екзонартекс от запад, портикът от северна­та стена и част от стените в храма. Сцените повтарят до известна сте­пен стенописите в Троянския манастир - „Страшният съд", „Апока­липсисът", „Колелото на живота". Дърворезбеният иконостас е дело на майсторите от Ново село Никола Матеев и синът му Йонко, които завършили работата си през 1849 година. Иконите са работа на тревненски майстори. Баташовският манастир е един от най-активните просветни цент­рове през Българското възраждане. В манастирското училище полу­чили образование видни дейци на новобългарската просвета и наци-онално-освободителната революция. Между тях били и Бачо Киро и отец Матей Преображенски - Миткалото. В манастира бил и органи­зационният център на революционните дейци от Севлиевския край. На 9 май 1876 г., за отмъщение при потушаването на Априлското въс- тание, по поръка на турските власти банда черкези подпалила манас­тира. За щастие рукналият от небето дъжд угасил пожара.