Не се знае нищо за живота в манастира през първите двеста годи­ни от турското владичество над българските земи. Търпял е навярно много беди и нападения от нетолерантната практика на турските власти към християнството. В края на XVI в. монахът художник от Зографския манастир Пимен обновил манастира в Черепиш и почи­нал тук в 1610 година. Това означава, че манастирът е претърпял ново разрушение в тази епоха, щом се е наложило възстановяването му. Манастирската църква, която е еднокорабна масивна сграда, също е построена в края на XVI век. При една от реконструкциите й в началото на XIX в. тя е била отново изографисана от свещеника Йо-аникий. Стенописите на Пимен Зографски останали под новите сте­нописи. Окончателно днешният вид на църквата е оформен след въз­становяването на българската държава - в 1888 г. е бил построен ос-мостенният купол, а притворът в 1939 година. Пимен Зографски поставил началото на манастирския скрипто-рий. От дейността му през ХУН-ХУШ в. са оцелели няколко интерес­ни ръкописа - Данаилово евангелие от 1616 г., Панегирик от 1623 г., Апостол, преписан от монаха Яков в 1630 г., Типик от 1745 г., Анаг-ност от 1745 г., Сборника „Маргарит" от Тодор Врачански, писан в 1762 г., и други. Кориците на най-стария ръкопис, т. нар. Черепишко евангелие е украсено с позлатен обков - един истински шедьовър на майсторите Николай и Павел от Чипровци. При феодалните размирици в Османската империя, избухнали в 1786 г. и продължили повече от четвърт век, монасите напуснали манастира, но живеели в околните пещери. В 1802 г. животът на манастира бил възобновен от свещеника Торньо, който поправил поруганата от мюсюлманите църква. Едва след реформените акто­ве от 1834 г., дали повече права на християните, било предприето ново строителство. Игуменът Йосиф издигнал в 1836 г. жилищни­те сгради на манастира. Интересен е фактът, че един богат турчин на име Рашид, чиято болна дъщеря оздравяла след посещение в манастира, дал дарение, с което било построено едно от новите жи­лищни здания. Забогателият манастир изградил няколко скита и метоси, един от които (Струпецкия) се развил в самостоятелен ма­настир. В тях монасите поддържали училища през целия XIX в. Манастирските сгради, метоси и скитове били убежища на рево­люционери. В подготовката на Априлското въстание взел участие и черепншкият йеромонах Епифаний, който станал председател на Лютибродския революционен комитет.