Възстановяването на манастира започнало в 1825 г. и се дължи на енергията на назначения от търновския митрополит Иларион нов игумен - ейромонах Зотик. Събрал значителни за времето си средст­ва от дарители, в 1832 г. той издействал от султан Махмуд позволение да възобнови манастира. Поради опасност от свлачищни процеси в района на средновековните руини Зотик избрал ново място на около 500 км от тях. Там имало средновековен скит, в чиято полуразрушена църква имало ктиторски портрет на българския цар Иван Шишман (1371-1393), която за съжаление била напълно разрушена, за да започ^ не в 1834 г. строежът на нов съборен храм, който съгласно султанско­то постановление трябвало да има същата дължина, височина и ши­рочина. Майсторът започнал градежа (Димитър Софиянлията), оба­че бил обесен от турците през 1835 г. като един от ръководителите на подготвяното в този край освободително въстание (т. нар. Велчова за­вера). Строителството било поето от големия български архитект и строител Никола фичев (Кольо фичето). Построеният от него храм е неголяма и ниска триконхална постройка с осмостенен купол. Украсата на храма бил поръчана на най-големия български ху­дожник в тази епоха - самоковеца Захари Зограф, който изписал хра­ма в 1848-1849 година. За това свидетелства надпис над западния вход в женското отделение, както и автопортрет на художника. Освен тра­диционните за манастирски храм библейски сцени, нарисувани в жиз­нерадостен стил на възрожденски художник, Захари Зограф, верен на българския си патриотизъм, в първия регистър на светците нарисувал почти всички български светци - св. Михаил (Борис) - цар българс­ки, св. Теодосий Търновски, св. Гавраил Лесновски, св. Йоаким Са-рандапорски, св. Параскева Търновска, св. св. Кирил и Методий, св. Иван Владимир - цар български и други. Интересни сцени са и „Колелото на живота", изписано на южна­та фасада в съборния храм. А в сцената на „Страшният съд", нарису­вана на източната стена на преддверието, Захари Зограф, изразявайки вероятно социалните настроения на българите от онова време, е пос­тавил между наказваните грешници навярно добре познати тогава лица на бакали, воденичари, кръчмари, блудници, пияници, предате­ли, прелюбодейци. Дървеният иконостас на църквата е с красива ажурна резба от не­известен автор, а иконите с изключение на „Св. Андрей", рисувана от Станислав Доспевски, са отново дело на Захари Зограф. Останалите манастирски сгради (също строени от Никола фичев между 1847-1867 г.) се сключват около три обособени двора - стопан­ски, поклоннически и монашески. Архитектурата на сградите е изк­лючително пластична, фасадите на каменните зидове от долните ета­жи е разчленена от слепи арки. Горните етажи са раздвижени от чар­даци, кьошкове, силно издадени еркери. В североизточното крило с монашеските килии е вградена костница и параклис „Св. Андрей", изградени около 1833 година. Над тях е издигната зимната църква „Св. Благовещение" - триконхална постройка. Иконите на иконоста­са й са рисувани в 1864 г. от Станислав Доспевски. Преображенският манастир е не само важно духовно средище на българите от търновския край, но и сигурно убежище на деГщи на българската нацмонално-освободителна революция, В различно вре­ме тук отсядат видните български революционни дейци Филип Тотю, поп Харитон, Ангел Кънчев, Васил Левски, Матей Преображенски.